Основними напрямками роботи Держгідрографії є: оснащення морів і внутрішніх водних шляхів зони відповідальності України ЗНО, забезпечення їх безперебійної дії відповідно до встановлення режимів роботи, складання і розповсюдження навігаційних морських і лоцманських річкових карт, керівництв і посібників для плавання, інформування суден про зміни навігаційної обстановки плавання; розвиток систем навігаційно-гідрографічного забезпечення мореплавства, що включає розробку та впровадження нових методів технологій і технічних засобів навігації, гідрографії та морської картографії; проведення науково-дослідних, конструкторських, пошукових та інженерно-технічних робіт у галузі навігації, гідрографії й океанографії та морської картографії; представлення Міністерства інфраструктури у Міжнародний гідрографічній організації (МГО), інших міжнародних організаціях з питань навігації, гідрографії, океанографії та морської картографії, співпраця з гідрографічними службами інших країн; виконання міжнародних зобов язань України з навігаційно-гідрографічного забезпечення мореплавства, що включає гідрографічне і океанографічне вивчення океанів і морів.
